A FERJ excluiu o Duquecaxiense da competição após três WOs seguidos. Os pontos ganhos pelos times através dos WOs foram retirados.
1a Fase:
3a Rodada:
01/05/09
Fluminense 1-0 Madureira
Bangu 1-0 Friburguense
Tigres 5-3 Estácio de Sá
02/05/09
Botafogo 4-1 Volta Redonda
Vasco da Gama 8-0 Mesquita
CFZ do Rio 5-2 Duque de Caxias
América 1-5 São Cristóvão
Nova Iguaçu 3-2 Portuguesa
Sendas 3-2 Artsul
Olaria 3-1 Santa Cruz
Silva Jardim 2-2 Boavista
03/05/09
Goytacaz 0-4 Profute
Leme 6-2 Americano
Bonsucesso 0-4 Rio de Janeiro
Castelo Branco 5-3 Heliópolis
Campo Grande WO-0 Duquecaxiense (3-0)
Fênix 7-3 Serrano
Classificação:
Grupo A:
1) Vasco da Gama - 9
2) Flamengo - 6
2) Madureira - 6
2) Fluminense - 6
5) Botafogo - 4
6) Bangu - 3
7) Friburguense - 1
8) Mesquita - 0
8) Volta Redonda - 0
Grupo B:
1) Tigres - 9
1) Nova Iguaçu - 9
3) Sendas - 7
4) Artsul - 6
5) Estácio de Sá - 3
5) CFZ do Rio - 3
5) São Cristóvão - 3
8) Portuguesa - 2
9) Duque de Caxias - 1
10) América - 0
Grupo C:
1) Profute - 9
2) Goytacaz - 4
2) Leme - 4
4) Independente - 3
4) Marinho - 3
6) Boavista - 1
6) Silva Jardim - 1
8) Americano - 0
Obs: Cabofriense e Macaé desistiram da disputa.
Grupo D:
1) Castelo Branco - 9
2) Olaria - 7
3) Campo Grande - 6
3) Fênix - 6
5) Rio de Janeiro - 3
6) Serrano - 1
7) Bonsucesso - 0
7) Santa Cruz - 0
7) Heliópolis - 0
Obs: O Duquecaxiense foi excluído do campeonato pela FERJ.