Início
Fágner chegou ao Vasco em 2009 para a disputa do Campeonato Brasileiro da Série B. Mas não se firmou.
Crescimento
Em sua segunda temporada pelo Vasco, Fagner começou a se destacar nos treinamentos e ganhou a titularidade.
O auge
No ano de 2011, o lateral-direito conquistou a Copa do Brasil pelo Vasco e foi eleito o melhor jogador da posição do Campeonato Brasileiro.
A saída
Em julho de 2012, a diretoria vendeu Fagner para o Wolfsburg(ALE).